Repræsentantskabet er den øverste myndighed i DJU, og den overordnede ledelse varetages af hovedbestyrelsen.
Hovedbestyrelsen består af Unionsformanden, formanden for Judo Danmark og Ju-Jitsu Danmark samt repræsentanter fra de to sektioner. Antallet af repræsentanter afhænger af antal sportslicenser.
Derudover er der et antidoping udvalg og amatør og ordensudvalg under DJU.
Judo Danmark og Ju-Jitsu Danmark består af en bestyrelse samt et antal udvalg.
Ved at klikke på menuen til venstre, kan du se, hvem der sidder i bestyrelserne og de forskellige udvalg.